Klasifikasi virus

 Klasifikasi bertujuan untuk menggambarkan keanekaragaman virus dengan memberi nama dan mengelompokkan virus berdasarkan kesamaan mereka. Secara sederhana, virus dapat dikelompokkan berdasarkan jenis asam nukleat yang mereka miliki (virus DNA atau virus RNA), untaian asam nukleat (untai tunggal atau untai ganda), ada tidaknya segmentasi pada genom, ukuran virion, jenis simetri kapsid (heliks atau ikosahedreal), serta ada tidaknya selubung.[66] Pada tahun 1962, André Lwoff, Robert Horne, dan Paul Tournier merupakan orang-orang pertama yang mengembangkan pengelompokan virus berdasarkan sistem hierarki Linnaeus.[67] Sistem ini menggunakan klasifikasi filum, kelas, bangsa, keluarga, marga, dan spesies. Virus dikelompokkan sesuai dengan kesamaan sifat mereka (bukan kesamaan inang mereka) dan jenis asam nukleat yang membentuk genom mereka.[68] Pada tahun 1966, Komite Internasional Taksonomi Virus (ICTV) dibentuk. Sistem yang diusulkan oleh Lwoff, Horne, dan Tournier tidak pernah sepenuhnya diterima oleh ICTV karena ukuran genom virus yang kecil dan tingkat mutasi mereka yang tinggi membuat sulit untuk menentukan takson virus di atas ordo (bangsa). Oleh sebab itu, klasifikasi Baltimore digunakan untuk melengkapi hierarki yang lebih tradisional.[69] Mulai tahun 2018, ICTV mulai mengakui hubungan evolusi yang lebih dalam di antara virus yang telah ditemukan dan mengadopsi sistem klasifikasi dengan 15 tingkatan, mulai dari dunia hingga spesies.[70]

Komite Internasional Taksonomi Virus (ICTV) mengembangkan sistem klasifikasi yang digunakan saat ini dan menulis pedoman yang memberi bobot lebih besar pada sifat-sifat virus tertentu untuk menjaga keseragaman keluarga virus. Taksonomi terpadu (sistem universal untuk mengklasifikasikan virus) telah ditetapkan. Peneliti baru mendeskripsikan sebagian kecil dari total keragaman virus yang ada di bumi.[71] Pada tahun 2019, 4 dunia, 9 kerajaan, 16 filum, 2 subfilum, 36 kelas, 55 ordo, 8 subordo, 168 keluarga, 103 subkeluarga, 1.421 genus, 68 subgenus, dan 6.589 spesies virus telah ditetapkan oleh ICTV.[72]

Seperti taksonomi makhluk hidup pada umumnya, klasifikasi virus juga dilakukan secara hierarkis atau bertingkat. Pada 2019, tingkatan subdunia, subkerajaan, dan subkelas tidak digunakan, sedangkan semua tingkatan lainnya sedang digunakan

Ahli biologi dan pemenang Hadiah Nobel David Baltimore merancang sistem klasifikasi Baltimore.[73][74] Dalam klasifikasi virus modern, sistem klasifikasi ICTV digunakan bersama dengan sistem klasifikasi Baltimore.[75][76][77]

Klasifikasi virus Baltimore didasarkan pada mekanisme sintesis mRNA. Virus harus menghasilkan mRNA dari genomnya untuk menghasilkan protein dan mereplikasi diri mereka sendiri, tetapi mekanisme yang digunakan oleh virus untuk mencapai hal ini berbeda-beda. Genom virus mungkin beruntai tunggal (single-stranded, disingkat ss) atau beruntai ganda (double-stranded, disingkat ds), baik berupa RNA atau DNA, dan mungkin menggunakan atau tidak menggunakan transkriptase balik (reverse transcriptase, disingkat RT). Selain itu, virus RNA untai tunggal dapat bersifat positif (+) atau negatif (-). Klasifikasi ini menempatkan virus ke dalam tujuh kelompok:

Virus DNA untai ganda (dsDNA)

Virus DNA untai tunggal (ssDNA)

Virus RNA untai ganda (dsRNA)

Virus RNA untai tunggal-positif (ssRNA(+))

Virus RNA untai tunggal-negatif (ssRNA(-))

Virus RNA untai tunggal-transkripsi balik (ssRNA-RT)

Virus DNA untai ganda-transkripsi balik (dsDNA-RT)

Sebagai contoh penerapan klasifikasi virus, virus penyebab cacar air, yaitu virus varicella-zoster (VZV), ditempatkan dalam ordo Herpesvirales, keluarga Herpesviridae, subkeluarga Alphaherpesvirinae, dan genus Varicellovirus. VZV berada di Grup I dari Klasifikasi Baltimore karena merupakan virus dsDNA yang tidak menggunakan enzim transkriptase balik.

Set lengkap virus dalam suatu organisme atau habitat disebut viroma; misalnya, semua virus manusia membentuk viroma manusia.[78]